První zmínky o Bohdanečském rybníce (ve Vischerově mapě z roku 1866 č. 3) pochází již z 15. století. Ačkoliv jeho vznik není jasný, pravděpodobnými zakladateli byli fišmistr Vlček (rok 1496) a Jan Křenek z Čestic (1518 až 1520). Za vlády Viléma z Pernštejna došlo k velkému rozvoji rybníkářství na Pardubicku a po dokončení Opatovického kanálu (32,5 km) vznikla rozlehlá rybniční soustava asi 250 rybníků (v roce 1560), jejíž součástí se stal i Bohdanečský rybník. V 17. století však došlo k ekonomické krizi a rybníky byly postupně rušeny a vysušovány. V dnešní době je Bohdanečský rybník největší ze všech, které se ze starší doby dochovaly.
V době vyhlášení Státní přírodní rezervace bylo území bohaté na mnoho vzácných druhů rostlin i zvířat, především bahňáků. V druhé polovině 20. století se bohužel situace zhoršila. Ptáci trpěli především devastací Polákova poloostrova, kde až do roku 1974 probíhal chov vodní drůbeže Státním rybářstvím Litomyšl, a intenzivním chovem ryb.[5] Slatinné louky v okolí, které byly původně sečeny a spásány, byly ponechány bez zásahů a rybník nebyl nadále letněn. Vlivem tohoto ochranářsky nevhodného managementu lokalita začala zarůstat, zajímavé druhy byly nahrazeny náletovými dřevinami a křovinami.[4][8] Proto bylo roku 1993 obnoveno kosení rákosí a luk a současně byly likvidovány náletové dřeviny a ve dvou fázích došlo k vymýcení aleje nepůvodního topolu kanadského (Populus canadensis). Vznikla mozaika ploch ponechaných volnému vývoji a ploch obhospodařovaných, což vedlo opět ke zvýšení biodiverzity. Napomohla tomu i revitalizace rybníka Matka a vytvoření tůní v severozápadní zátoce v roce 1999.[6][8] Poté následovala revitalizace Bohdanečského rybníka od roku 2005, jeho odbahnění, vytvoření litorálních pásem a soustavy ostrůvků a lagun a rozčlenění rákosinových porostů. Po skončení první fáze revitalizace Bohdanečského rybníka, která proběhla mezi roky 2013-2014, vznikly na 15 ha mělčiny a laguny, což prospělo řadě vzácných druhů. Během revitalizace bylo odstraněno taktéž přes 150 000 m³ sedimentů. Poslední etapa revitalizace Bohdanečského rybníka započala v lednu 2015 a byla ukončena v roce 2016.
